污水的處理效果主要取決于水中的微生物。原生動物能用來改善水質、評價和指示污水廠的運行和處理效果。根據原生動物的生物特征及其在不同環境條件下的種屬、數量、活性等表現，通過其組成和數量的分析，可以迅速為活性污泥工藝提供有益的指示信息，從而指導污水廠的生產運行。

  杭州迅數科技有限公司的M500多功能生物監測儀中的全自動菌落計數分析軟件、顯微圖像分析系統軟件、藻類智能鑒定計數軟件和浮游動物計數軟件能夠很好的幫助完成針對上述污水處理中細菌、藻類、原生動物、輪蟲、甲殼綱動物、蟲類等的觀察和計數以及檢測以及監測工作。